1979年与陈彩鸾结婚，1996年离婚，结婚17年，育有1子。林尚未离婚就另结新欢方淳珍。方于1995年进入林清玄文教基金会服务，两人自此滋生爱苗，发展出婚外情。1997年3月两人结婚，但结婚仅3个月，新太太就要临盆，引来妇女团体挞伐，在“林清玄教育文化基金会”门口焚烧他的书。有人在网络上大骂他是“伪君子”、“说一套，做一套”，甚至有人准备好鸡蛋要“蛋洗”林清玄。还有人爆料，他在妻子跳水自杀时，依然继续演讲行程，性情残酷，好在后来妻子获救。很多作家及他的知己，也同样责难他，认为林清玄要对普罗大众负责。林清玄社会观感急转直下，不得不一度取消所有演讲，最惨的时候，只剩星云法师愿意伸援，在台湾文坛被痛骂、排挤，只好到中国大陆另起炉灶。