1991年，香港黑帮龙头倪坤突然被鎗杀，掀起了惊心动魄的江湖斗争。重案组督察黄志诚及陆启昌紧密步署防范。 黄志诚对倪家第二代倪永孝起了戒心，派警校毕业生陈永仁渗入倪家进行长期的卧底计划。另一方面，倪永孝的左右手韩琛为巩固势力，亦早已安排手下刘健明考进警察部通风报讯。 三年后，陈永仁取得倪永孝的信任，在家族中任居要职。刘健明亦凭韩琛提供的情报在警队扶摇直上，他对韩琛女友Mary亦渐生情愫。倪永孝事业一帆风顺，社会地位日渐提高。他决定将五大头目一举歼灭，令自己安枕无忧。一时间，全城一片腥风血雨，各人在无间道中越行越远……