早年，他宣称成功治疗了很多糖尿病人，但被查出弄虚作假。他宣称治好病人，半年后又要开始服药

他跟一家药厂签了将猪器官移植到人体的协议，遭到伦理批评，后来他单方毁了协议结果又被药厂告上法庭。

他最来钱Abraxane也是来自巴克莱(Arthur S. Barclay) 发现的紫杉醇，但黄馨详改进后卖出高价。但他在药物的商业化过程中手脚不干净，甚至包括与医生团体勾结谋利以及操纵公司股价。

他宣称自己的“曼哈顿计划”已把过去需要11周才能完成的生理检测缩减到“逆天”的47秒，但事实上这个47秒却是整个NantHealth平台平均完成一个样本检测的时间，而不是对某个患者完成检测的时间。

他的高级雇员也曾起诉他使用不合规的技术和装置而且搞欺诈销售。包括对他最新发起的Cancer MoonShot 2020，也有人认为他是变相地为自己谋利，因为他的公司将参与计划并且提供药物和基因测试，但费用却要有关保险公司负担。

更有甚者，黄馨祥的哥哥一直声称自己联合某大药厂高管，一起投资了500万美金给黄馨祥创办第一家公司：VivoRx，但黄馨祥却非法挪用他们的投资转做了另外一家公司。

僵持下，斥责他“背叛、自大、贪婪、邪恶”的哥哥把他告上法庭，而他非但否认这些指控，甚至坚称哥哥根本没有这个投资。