黑水虻可以用来处理有机垃圾，黑水虻幼虫中还含有大量的抗菌肽、甲壳素等物质。禽畜粪便、动植物残体、餐厨垃圾和食品工业废料，都成为黑水虻的美餐。

黑水虻不仅是自然界的清洁工，其本身也是高蛋白的饲料，可喂鸡、鸭、鱼等。